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Drug discovery : Les interactions protéine-ligand sous un nouveau jour

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L'interaction protéine-ligand est sans doute l'approche thérapeutique la plus courante. De nombreux médicaments ciblent cette liaison, soit pour la bloquer (antagoniste), soit pour l'activer (agoniste).
Il n'empêche que des zones d'ombres demeuraient autour de ce mécanisme dynamique et complexe, faisant également intervenir les molécules d'eau environnantes. Des chercheurs britanniques de l'université de Leeds viennent de lever une partie de ce mystère, avec à la clé une méthodologie qui devrait accélérer la découverte de candidats au développement pharmaceutique et, par là même, réduire les coûts de R&D. Ils ont ainsi couplé des données issues de la résonance magnétique nucléaire à la cristallographie, pour inclure des données dynamiques. Puis, par le biais d'un système de cotation des degrés d'influence de l'eau, du ligand et de la protéine sur la dynamique de leur interaction, ils ont mis au point un système modélisant ou simulant cette interaction sur ordinateur. En compilant ces données, il est alors possible d'identifier la molécule candidate idéale. Ce serait celle qui aurait la plus forte affinité avec la protéine, gage de la puissance de l'interaction et par extension d'une efficacité clinique. Le Pr Steve Homans, à l'origine de cette découverte, compte mettre en pratique sa technique pour le Sida. Vers la fin du criblage de millions de molécules tous azimuts?

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